In seiner Funktion als Bundesumweltminister im Kabinett Kohl erlebte er unmittelbar nach der politischen Wende die hiesigen Umweltprobleme und stellte die Weichen für den ökologischen Umbau. Vor dem Hintergrund der deutschen Einheit befand sich die ostdeutsche Chemiebranche im starken Wandel. Klaus Töpfer ist es zu verdanken, dass Neuansiedlungen nicht auf der grünen Wiese geplant werden, während kontaminierte Flächen liegenblieben. Die Region wurde schnellstmöglich wieder konkurrenzfähig. Seine Idee sah die schrittweise Sanierung der Flächen vor. Damit nahm er auch die Sorge der Bürger ernst, das Image ihrer Stadt als ökologischer Schandfleck nie wieder loszuwerden, was in der Konsequenz bedeutet: keine Investoren, keine Arbeit, keine Zukunft.
Insbesondere verbindet unsere Region seinen Namen mit der Errichtung des hochmodernen Gemeinschaftsklärwerks Bitterfeld-Wolfen, welches die Voraussetzung für die Ansiedlung von Unternehmen bildete und heute dank seiner Technologie wegweisend für die Zukunft des Standorts ist. Zu seinen Verdiensten gehört neben der Beteiligung Bitterfelds an der Weltausstellung Expo 2000 auch die Einrichtung der Bildungsstätte „Haus am See“ in Schlaitz, welche durch die von ihm initiierte „Bundestiftung Umwelt“ Förderung erfuhr.